Su veneración goza actualmente de máxima actualidad, pues tradicionalmente, ha sido invocado contra las epidemias.
Por ello, era frecuente colocar ermitas en las distintas entradas de los pueblos y ciudades, con el objeto de proteger a su población. En Huelva, teníamos la de san Roque, en el camino a Gibraleón y la de san Sebastián, en el camino a Sevilla.
Tal fue la devoción al santo que en 1738, san Sebastián fue nombrado patrón de la ciudad.
En el retablo de nuestra capilla se reproduce una imagen de san Sebastián, realizada en terracota por Aquino Pérez. Curiosamente sigue el modelo de la existente en la iglesia de San Pedro, antigua sede canónica de la Hermandad.
En los comienzos de la Diócesis de Huelva, su primer obispo Cantero Cuadrado, impulsa la nueva Parroquia de San Sebastián.
Nuestra Hermandad, aunque con sede canónica propia, está adscrita a la Parroquia de San Sebastián.